病人与医生要合作,病人检查前先去小便排空膀胱,进入检查室后,松开领口及裤带,取下假牙及眼镜,取左侧卧位,或根据需要改用其他体位。医生利用一条直径约一公分的黑色塑胶包裹导光纤维的细长管子,前端装有内视镜由嘴中伸入受检者的食道→胃→十二指肠,藉由光源器所发出之强光,经由导光纤维可使光转弯,让医师从另一端清楚地观察上消化道内各部位的健康状况。入镜后,提醒患者不能用牙齿咬镜,以防咬破镜身的塑管。身体及头部不能转动,以防损坏镜子并伤害内脏。必要时,可由胃镜上的小洞伸入夹子做切片检查。全程检查时间约10分钟,若做切片检查,则需20至30分钟。